Гоген оставил семью и в 1886—1890 годах почти всё время проводил в Понт-Авене (Бретань), где сблизился с группой художников, близких к символизму. В 1887—1888 годах посетил Панаму, где посетил строительство Панамского канала. В 1888 году некоторое время жил у Ван Гога в Арле и работал с ним. Пребывание закончилось ссорой, связанной с одним из первых приступов помешательства у Ван Гога.

Испытывая с детства, проведённого в Перу (на родине матери), тягу к экзотическим местам и считая цивилизацию «болезнью», Гоген, жаждущий «слиться с природой», в 1891 году уезжает на Таити, где проживал в Папеэте и где в 1892 году пишет целых 80 полотен. После кратковременного (1893—1895) возвращения во Францию, из-за болезни и отсутствия средств он навсегда уезжает в Океанию — сначала на Таити, а с 1901 года на остров Хива-Оа (Маркизские острова), где берёт себе в жены молодую таитянку и работает в полную силу: пишет пейзажи, рассказы, работает журналистом. На этом острове он и умирает. Несмотря на болезни, бедность и депрессию, приведшую его к попытке самоубийства, лучшие свои работы Гоген написал именно там. Наблюдение над реальной жизнью и бытом народов Океании сплетаются в них с местными мифами.

На больших плоскостных полотнах он создаёт статичные и контрастные по цвету композиции, глубоко эмоциональные и одновременно декоративные.

Слава пришла к художнику после смерти, когда в 1906 году в Париже было выставлено 227 его работ. Влияние творчества Гогена на искусство XX века бесспорно.

Жизнь Гогена легла в основу романа Сомерсета Моэма «Луна и грош». В нем описывается простой английский брокер Чарльз Стрикленд, бросивший семью, работу и дом, для того чтобы заниматься живописью.

В честь Гогена назван кратер на Меркурие.